منبع پایان نامه درباره شرایط آب و هوایی، نرم افزار

انجام دادند: آنالیز همه دادهها، آنالیز دادههای مرتبط با جابجایی نوکلئوتیدی و آنالیز دادههای حاصل از حذف و اضافه نوکلئوتیدی. ابراهیمی و همکاران (1389) تنوع ژنتیکی 73 نمونه جوی ایرانی که از دو گونه هوردئوم وولگار و هوردئوم اسپانتانئوم بودند را با 15 جفت نشانگر ریز ماهواره ارزیابی نمودند. نتایج آزمایشات آنها در درخت فیلوژنی نشان داد که گروهبندی ارقام و ژنوتیپهای متعلق به دو گونه متفاوت، بر اساس منشأ جغرافیایی آنها صورت گرفته و بر این اساس دادههای آنها در سه گروه اصلی طبقهبندی گردید. آنها دلیل شباهت ژنتیکی و نیز نزدیکی نمونههای متعلق به دو گونه متفاوت در یک گروه را تغییرات ژنتیکی مشابه در مواجهه با شرایط آب و هوایی مشابه در طی زمان طولانی ذکر نمودهاند. متیوس و هایز (2002) و فنگ و همکاران (2006) نیز گزارش دادند که الگوی گروهبندی ژنوتیپها با منشأ و پراکنش جغرافیایی آنها ارتباط دارد.
3-7 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن HKT1
این نقشه هضم آنزیمی، محل برش آنزیمهای مختلف برشی را در طول قطعه تکثیر شده ژن HKT1 که توالی آن در شکل 3- 1 به صورت رنگی نمایش داده شده است نشان میدهد. همانگونه که در شکل 3- 10 مشاهده میگردد محل دقیق هضم آنزیمی هر یک از آنزیمهای برشی روی قطعه ژنی مربوط در داخل پرانتز نشان داده شده است. به عنوان مثال آنزیم BamH1 در محل نوکلئوتید شماره 162 این قطعه ژنی را برش میدهد. این قطعه یک بار توسط آنزیمهای BamH1 و HincII، دو بار توسط آنزیم BstXI و سه بار توسط آنزیم EcoRI برش داده میشود. اگر موتاسیونهای نوکلئوتیدی در هر یک از این محلهای برش آنزیمی واقع گردند از نظر ژنتیکی دارای اهمیت بسیار زیادی میباشند. زیرا میتوان از آنزیم مربوط برای جداسازی قطعه حامل این موتاسیون استفاده کرده و برای اهداف گوناگون و با ارزش ژنتیکی و مولکولی بهره گیری نمود.
محل دقیق وقوع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در این قطعه ژنی از طریق آنالیز توالی نوکلئوتیدی این قطعه در ژنوتیپهای آزمایشی به کمک نرم افزار CodonCode Aligener، بررسی شده و با محل برش آنزیمهای برشی مقایسه گردید. این مقایسه نشان داد که محل وقوع موتاسیون نوکلئوتیدی در 84 ژنوتیپ دقیقاً در محل برش آنزیم EcoRI و وقوع موتاسیون در یک ژنوتیپ در محل برش آنزیم HincII واقع شده است. بنابراین میتوان گفت که این نقشه هضم آنزیمی دارای ارزش و اهمیت بسیار زیادی در مطالعات مختلف ژنتیکی از جمله جداسازی و کلون کردن قطعات مورد نظر ژن که حامل موتاسیون میباشند، تعیین نقشه و سایر مطالعات مربوط به موتاسیونها میباشد. مشخصات کامل این موتاسیونهای نوکلئوتیدی که در محل هضم آنزیمی این دو آنزیم واقع شدهاند در جدول 3- 14 آورده شده است.
جدول 3- 14 مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن HKT1
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی
(شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
HincII
حذف و اضافه هموزیگوت
یک ژنوتیپ
302
اضافه شدن یک باز سیتوزین در منطقه کد کننده ژن
EcoRI
حذف و اضافه هموزیگوت
84 ژنوتیپ
1300
اضافه شدن یک باز آدنین در منطقه کد کننده ژن
3-8 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4
نقشه هضم آنزیمی کانتیگهای ژن CBL4 در شکلهای 3- 11 تا 3- 17 نشان داده شده است.
کانتیگ اول:
شکل 3- 11 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول
قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول یک محل برش برای آنزیمهای Acc65I, BamHI XbaI, XhoI, EcoRI, KpnI,، دو محل برش برای آنزیمهای SacII, SalI, SmaI, SacI، و سه محل برش برای آنزیم XmiI را نشان میدهد. مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل برش این آنزیمها در قطعه ژنی مربوط در جدول 3- 15 آمده است.
جدول 3- 15 مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی (شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
XhoI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
7 ژنوتیپ
307
یک مورد تبدیل باز تیمین به سیتوزین، سه مورد تبدیل تیمین به آدنین و سه مورد تبدیل تیمین به گوآنین که در همه موارد یک اسید امینه به اسید امینه دیگر تبدیل شده است.
SmaI
جابجائی نوکلئوتیدی، (موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
397
تبدیل باز گوآنین به سیتوزین
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی(موتاسیون هموزیگوت) و حذف نوکلئوتیدی
13 ژنوتیپ
431
دو مورد حذف نوکلئوتیدی در منطقه کد کننده ژن، 9 مورد تبدیل باز سیتوزین به گوآنین و دو مورد تبدیل سیتوزین به تیمین که در همه موارد یک اسید امینه به اسید امینه دیگر تبدیل شده است.
ادامه جدول 3- 15
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی (شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
SmaI
جابجائینوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
486
تبدیل باز گوآنین به تیمین و تغییر اسید آمینه مربوط
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
16 ژنوتیپ
730
دوازده مورد تبدیل باز سیتوزین به آدنین و چهار مورد تبدیل سیتوزین به گوانین و تغییر اسید آمینه مربوط
BamHI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
3 ژنوتیپ
1854
دو مورد تبدیل باز گوآنین به آدنین و یک مورد تبدیل گوآنین به سیتوزین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
1 ژنوتیپ
1972
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین و تغییر اسید آمینه مربوط
SacII
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
3 ژنوتیپ
2185
تبدیل باز آدنین به گوآنین و دو مورد تبدیل آدنین به تیمین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
SacII
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
11 ژنوتیپ
2235
نه مورد تبدیل باز گوآنین به آدنین، یک مورد تبدیل گوآنین به تیمین و یک مورد تبدیل گوآنین به سیتوزین و تغییر اسید آمینه در همه موارد
کانتیگ دوم:
شکل 3- 12 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم
قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم دارای یک محل برش برای آنزیمهای BamHI, SacII, SalI, XbaI, XhoI، دو محل برش برای آنزیم XmiI، سه محل برش برای آنزیمهای HincII, SmaI و چهار محل برش برای آنزیم SacI میباشد. مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل برش این آنزیمها در قطعه ژنی مربوط در جدول 3- 16 آمده است.
جدول 3- 16 مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی
(شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
502
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
BamHI
جابجائی نوکلئوتیدی، (موتاسیون هموزیگوت) و حذف نوکلئوتیدی
دو ژنوتیپ
572
یک مورد تبدیل باز گوآنین به سیتوزین و یک مورد حذف باز گوآنین در منطقه کد کننده ژن
SalI
جابجائی نوکلئوتیدی(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
1491
تبدیل باز تیمین به گوآنین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
XmiI
جابجائینوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
دو ژنوتیپ
1492
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین و تغییر اسید آمینه مربوط
XmiI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
1573
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین و تغییر اسید آمینه مربوط
XbaI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
5 ژنوتیپ
1697
چهارمورد تبدیل باز سیتوزین به تیمین و یک مورد تبدیل سیتوزین به گوآنین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
5 ژنوتیپ
2102
دو مورد تبدیل باز سیتوزین به آدنین و سه مورد تبدیل سیتوزین به گوآنین و تغییر اسید آمینه مربوط
SmaI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
4 ژنوتیپ
2479
سه تبدیل باز گوآنین به آدنین و یک مورد تبدیل گوآنین به سیتوزین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
کانتیگ سوم:
شکل 3- 13 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم
قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم یک محل برش برای آنزیمهای BamHI, SalI, XbaI، دو محل برش برای آنزیمهای XmiI و SmaI، سه محل برش برای آنزیم HincII و چهار محل برش برای آنزیم SacI را نشان میدهد. مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل برش این آنزیمها در قطعه ژنی مربوط در جدول 3- 17 آمده است.
جدول 3- 17 مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی (شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
BamHI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
385
تبدیل باز گوآنین به آدنین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
HincII
جابجائی نوکلئوتیدی، (موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
918
تبدیل باز آدنین به گوآنین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
HincII
جابجائی نوکلئوتیدی(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
941
تبدیل باز گوآنین به تیمین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
XmiI
جابجائینوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
1323
تبدیل باز سیتوزین به آدنین و تغییر اسید آمینه مربوط
SmaI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
دو ژنوتیپ
2091
تبدیل باز گوآنین به سیتوزین و تغییر اسید آمینه مربوط
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
2150
تبدیل سیتوزین به گوآنین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
SmaI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
2177
تبدیل باز گوآنین به آدنین و تغییر اسید آمینه مربوط
SacI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
4 ژنوتیپ
2362
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین و تغییر اسیدهای آمینه مربوط
کانتیگ چهارم:
شکل 3-14 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم یک محل برش برای آنزیم BamH و XbaI، دو محل برش برای آنزیم SalI، و چهار محل برش برای آنزیمهای HincII XmiI, SmaI, SacI, را نشان میدهد. مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل برش این آنزیمها در قطعه ژنی مربوط در جدول 3- 18 آمده است.
جدول 3- 18 مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
نام آنزیم
نوع موتاسیون
تعداد ژنوتیپهای حامل این موتاسیون
محل برش آنزیمی (شماره باز)
توضیح وضعیت موتاسیون
XmiI
جابجائی نوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
1287
تبدیل باز سیتوزین به تیمین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
HincII
جابجائی نوکلئوتیدی، (موتاسیون هموزیگوت) و حذف نوکلئوتیدی
دو ژنوتیپ
1288
تبدیل باز گوآنین به تیمین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است و حذف یک نوکلئوتید گوانین در منطقه کد کننده ژن.
XmiI
جابجائینوکلئوتیدی
(موتاسیون هموزیگوت)
یک ژنوتیپ
1417
تبدیل باز سیتوزین به گوآنین که موجب تبدیل یک اسید امینه به اسید امینه دیگر شده است.
XbaI
حذف

دیدگاهتان را بنویسید