گسترش فعالیت تبلیغی مسیحیان در ایران توجه اشراف ساسانی را جلب کرد. از سوی دیگر مسیحیان برخی آتشکده‌های زرتشتی را به کلیسا و نماز خانه مبدّل کردند و این امر سبب گردید تا بار دیگر حکمرانان ساسانی فعالیت مسیحیان را محدود کنند.
2ـ2ـ2. مسیحیت پس از اسلام تا قاجاریه
اوج پیشرفت مسیحیت در ایران را شاید بتوان همزمان با هجوم اعراب به ایران دانست. مسلمین هم چون مسیحیان را اهل کتاب می‌دانستند معمولاً با آنها رفتاری مسالمت‌آمیز داشتند. زیرا که ایشان ذمه اسلام به شمار می‌آمدند، جزیه مخصوص می‌پرداختند ولی حق ورود به ارتش اسلام را نداشتند اما در کسب و شغل و داد و ستد آزاد بودند. البته روابط بین مسلمین و مسیحیان همیشه یکسان نبود و بنابر اقتضای زمان و مصلحت روز و حکام وقت نشیب و فرازهایی در آن ایجاد می‌گردید، ولی روی‌هم‌رفته، باید گفت که مسیحیان به ویژه در هزاره اول میلادی در کشورهای اسلامی با آسودگی می‌زیستند و مورد احترام فرمانروایان بودند برای مثال رفتار لطف آمیز خالد ابن عبدالله قصری، حاکم وقت عراق که مادرش پیرو آیین مسیح بود نسبت به پیروان سایر ادیان به ویژه مسیحیان ذکر شده است.
2ـ2ـ2ـ1. از عباسیان تا مغول
خلفای عباسی، بغداد را بین سالهای 762 ـ 766م در کنار دجله بنا نهاده آنجا را پایتخت فرمانروایی خود کردند. مسیحیان نیز از دولت پیروی کرده به تدریج مرکز اداره امور کلیسا را از سلوکیه تیسفون به پایتخت جدید، منتقل ساختند. خلفای عباسی معمولاً اهل علم بودند و به مباحثات مذهبی علاقه داشتند و پیروان مذاهب و ادیان مختلف به مناظره با یکدیگر می‌پرداختند. کتاب التوحید محمد بن علی ابن بابویه القمی که در قرن دهم می‌زیسته، حاوی مناظرات و مباحثاتی است بین پیشوای مسلمانان و بطریقیان مسیحی، از جمله یکی شرح مناظره‌ای است بین امام جعفر صادق و یکی از بطریقیان مسیحی در حضور مامون خلیفه. شرح مناظره مزبور را علّامه محمد باقر مجلسی نیز در کتاب بحارالانوار آورده است.
مرکز پزشکی جندی شاپور که در زمان ساسانیان بدست پزشکان مسیحی اداره می‌شد، در زمان خلفاء نیز به همان سان به فعالیت ادامه داد. شخصیت‌های مهم طبی در آن روزگاران اغلب یا مسیحی بودند و یا یهودی.آن مرکز سالیان درازی تحت سرپرستی خانواده بختیشوع (نجات یافته از عیسی) که ایرانی تبار بودند اداره می‌شد. خانواده بختیشوع روی‌هم‌رفته تا سال 940 در دستگاه خلافت بودبسیاری از خلفای عباسی دارای اطباء و پزشکان مسیحی بودند. تیموتاوس پاتریاک در تبلیغ مسیحیت سعی بلیغ مبذول می‌داشت و با کلیه خلفای معاصر خود روابط حسنه داشت. مسیحیان در بنا کردن کلیساها و دیرهای جدید آزاد بودند. برای مثال ساختن کلیسای جدید در زمان خلافت عبدالعزیز در حلوان را می توان ذکر کرد.
در مجموع وضع مسیحیان ایران و سایر سرزمین‌های مفتوحه در قرون نخستین اسلامی از دوره ساسانی مناسبتر بود. چرا که برخلاف آن دوران، آزار و اذیت مسیحیان خاتمه یافت و گروه قابل توجهی از آنان در امور حکومتی مسلمین به کار مشغول شدند.
2ـ2ـ2ـ2. طاهریان و آل‌بویه
در دربار طاهریان (11میلادی) و آل بویه (10 و 11میلادی) نیز مسیحیان به عنوان کاتب و یا مانند سایر ماموران دولتی کار می‌کردند. خاندان بویه اصولاً پیرو مذهب زیدی بودند حال آنکه مردم فارس آن زمان، تسنن بودند. آل بویه از ترس اینکه مبادا مردم فارس علیه آنها با خلفای بغداد همکاری نمایند مسیحیان را می‌نواختند و برای کار در دستگاه حکومت تشویق و ترغیب می‌نمودند. عماد الدوله که مقر فرمانروایی وی در شیراز بود این سیاست را تشویق کرد و این روش پس از وی نیز ادامه یافت به طوری که پس از عضدالدوله مقام وزارت را به یک نفر مسیحی محول نمود.
2ـ2ـ2ـ3. سلجوقیان
آرامش نسبی امپراطوری سلجوقیان با آغاز جنگهای صلیبی اول به سال 1097 به هم خورد. در عرض سه سال صلیبی‌ها ساحل لبنان را گشودند. و اورشلیم و انطاکیه و ادسا را تسخیر کردند با اینکه سلجوقیان مستقیماً از سوی صلیبی‌ها تهدید نشدند ولی جنگهای صلیبی در سراسر خاورمیانه تاثیر محسوسی داشت.
با تکیه بر منابع موجود، مسیحیان ایران در قرون میانه در نواحی مختلف ایران پراکنده شدند که در این میان منطقه ماوراءالنهر از مهمترین مراکز تجمع مسیحیان بوده است. این منطقه در مسیر راه‌های بازرگانی قرار داشت و از حدود قرن چهارم ه ق/ نهم میلادی یکی از مراکز قدرت سیاسی در ایران محسوب می‌شد. مسیحیان نسطوری نیز یکی از اقشار اجتماعی ماوراءالنهر را تشکیل می‌دادند و بدین ترتیب در دوران سامانیان، غزنویان، سلجوقیان و قراخانیان، مسیحیت در این نواحی موجودیت خود را حفظ کرد و به نواحی شرقی نیز راه یافت و تا قرن 12 میلادی و آغاز دوران برتری سیاسی، نظامی قبایل ترک در آسیای میانه و شرق نزدیک، تعداد قابل توجهی از درباریان، همسران و رؤسای ایلات و مردم عادی اقوام ترک مسیحی بودند.
2ـ2ـ2ـ4. مغولان و ایلخانان
در دوران حکومت چنگیز (قرن12م) موقعیت مسیحیان در سرزمین‌های متصرّفه مغولان، خاصه ایران تثبیت شد. در حکومت ایلخانان(قرن13م) نیز مسیحیان کمابیش صاحب موقعیت مناسب در جامعه ایران بودند. همچنین در این دوران ترجمه فارسی از انجیل به نام «دیاتسارون» به عمل آمد.
پیروان ادیان مختلف به ویژه بودائیان و مسیحیان و یهودیان در دوران فرمانروایی مغولان بخصوص در اوائل حکومت آنان از آزادی مذهب برخوردار بودند. یکی از علل این آزادی را باید نفوذ زنان
مسیحی در میان آنان دانست.
2ـ2ـ2ـ5. تیموریان، صفویان و افشاریان
روابط ایران با اروپا از زمان مغول آغاز گردید و برای آن می‌توان چهار انگیزه تصور کرد. نخست انگیزه مذهبی بود که بیشتر از جانب غربیان ابراز می‌گردید. ولی ایلخانان به آن توجه چندانی نداشتند. دوم نظامی، سوم بازرگانی و چهارم، مسافرت و جهانگردی. در دوره تیمور نیز وی با اروپائیان رابطه برقرار می‌کند و گروه راهبان «دامی نیکی» و «فرانسیس» نخستین کسانی بودند که در این دوره از غرب به ایران آمدند.
پس از قدرت یافتن صفویان در قرن پانزدهم میلادی، در جامعه مسیحیان ایران تغییراتی به وجود آمد. در این دوران شاه تهماسب اول به ناحیه قفقاز لشکر کشید و گروهی از اسیران گرجی، چرکسو ارمنی را به ایران مهاجرت داد. ورود این گروه از مسیحیان به ایران بر تعداد جمعیت آنان افزود و این امر با اقدام شاه عباس اول در سال 1605م مبنی بر کوچانیدن ارامنه جلفای کنار رودارس، ایروان، نخجوان، گرجستان و شیروان به شهرهای مختلف ایران تقویت شد. در حملات ترکان عثمانی به ایران بین سالهای 1604 و 1608 شاه عباس می‌خواست زمین‌های بین راه لشکریان ترک را بی حاصل و بایر گرداند. ارمنستان سرحد بین ایران و عثمانی بود و لذا شاه عباس هزاران هزار نفر از ساکنین آنجا را به اجبار به نواحی مختلف ایران از قبیل گیلان و مازندران و آذربایجان و کردستان و پایتخت خود اصفهان کوچ داد. آنان با توجه به موقعیت خاص جغرافیایی هر محل به پرورش کرم ابریشم و خوک، کشت مو و غلات پرداختند.
عده قابل توجهی از مسیحیان خاصه مسیحیان مقیم اصفهان و جلفا، شغل بازرگانی انتخاب کردند و به تجارت ابریشم و سایر کالاها پرداختند.